Селигер принимает 110 притоков (наиболее крупные — реки Крапивенка, Сорога и Серемуха), а из него вытекает лишь одна река Селижаровка. Озеро, лежащее на высоте 205 метров над уровнем моря, ледникового происхождения. Этим объясняется его своеобразная форма — это не озеро в привычном понятии, а скорее цепочка озер, протянувшихся с севера на юг на 100 км и связанных между собой короткими узкими протоками. Береговая линия протяженностью более 500 км отличается изрезанностью — поросшие лесом мысы, глубокие вдавшиеся в сушу живописные заливы, разнообразные по форме острова.
